本研究科は，6大学の連合によって構成される独立研究科です。研究科における日常的な業務統括及び構成大学間の調整には，研究科長，研究主幹並びに各構成大学に置かれた副研究科長が当たり，運営組織として研究科教授会，代議委員会等を置いています。

(１) 研究科運営会議

研究科長のリーダーシップによる効率的な運営、並びに研究科の意思決定を行うために，(1)研究科長，(2)各構成大学から推薦された理事又は副学長（岐阜大学，滋賀大学及び岡山大学にあっては教育学研究科長），(3)研究主幹，(4)副研究科長で組織しています。

(２) 研究科運営協議会

研究科の重要審議事項について各構成大学の意見調整を行うために，(1)研究科長，(2)研究主幹，(3)副研究科長で組織しています。

(３) 連合学校教育学研究科教授会

研究科の最終的な意志決定を行うために，(1)研究科長，(2)各構成大学から推薦された理事又は副学長（岐阜大学，滋賀大学及び岡山大学にあっては教育学研究科長），(3)研究主幹，(4)副研究科長，(5)講座代表者等会議議長及び同副議長，(6)主指導教員で組織しています。

(４) 研究科代議委員会

研究科の円滑な運営を図り，研究科教授会からの付託事項を審議するために，(1)研究科長，(2)各構成大学から推薦された理事又は副学長（岐阜大学，滋賀大学及び岡山大学にあっては教育学研究科長）(3)研究主幹，(4)副研究科長，(5)講座代表者等会議議長及び同副議長で組織しています。

(５) 講座代表者等会議

連合講座における教育研究及び運営に関する連絡調整を行うために，各構成大学の講座代表者，副代表者で組織しています。

さらに，本研究科は，6大学平等の精神に基づき，常に密接な連携と協力のもとに管理運営されており，構成大学間の連絡調整のため，(1)構成大学の学長，(2)研究科長，(3)各構成大学から推薦された理事又は副学長（岐阜大学，滋賀大学及び岡山大学にあっては教育学研究科長），(4)研究主幹，(5)副研究科長，(6)構成法人の管理運営担当の理事又は事務局長で組織する構成大学間連絡調整委員会を設けています。